水藻的清除一般比較簡單。一種是人工的清除，比如拿工具將水藻鏟下來。另一種是用除藻劑，除藻劑價格比較低廉，但是用的時候要注意稀釋，不要用量太多。
另外也有人用生物清除的方法，就是養蘋果螺、笠螺、清道夫、琵琶鼠等治理水藻。
但是使用除藻劑之類的藥劑，可能會有一定的副作用。當藥劑加入進去之后，會破壞原來的生態環境，不僅對海藻起作用，也對其它生物或是微生物都會有影響。最安全有效的辦法還是生物清除。用除藻動物來清除海藻的方法沒有副作用，而且清除徹底。
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